納米抗體制備具有很多傳統抗體不能對比的優勢。制備簡單，容易利用原核及真核表達系統獲得，利于實現工業化；其次，可溶性高，容易穿透組織被吸收，在腫瘤的治療中能夠大大提高其作為藥物的利用率；再者，它結構穩定，條件耐性高，能夠抵抗酸性環境，研究表明在通過小鼠消化道后，它仍能保持原有的生物活性。
納米抗體制備的生化特性：
(1)免疫原性弱。免疫原性與分子量及化學結構等有關，分子量越小免疫原性越小。由于納米抗體的分子量只有常規抗體的1/10，只有一個結構域，因此刺激機體形成特異性抗體或是引起體液和細胞免疫應答機率大大降低。同時，納米抗體無Fc段，避免了Fc引起的補體反應，對人體免疫原性很低，與人的生物相容性較好。但也有研究表明納米抗體作為藥物長期反復使用會增加免疫原性，影響治療。無論如何，相比于傳統抗體，納米抗體在免疫原性方面表現的更弱。
(2)可溶性高、耐受性強。納米抗體的FR2中四個位點的突變，使自身的溶解性增加，成藥性更好。納米抗體內部的二硫鍵使其抗熱性和耐酸堿能力變強。常規單克隆抗體穩定性差，容易出現聚集現象，并發生不可逆的熱聚合。而納米抗體在高溫環境中長期放置仍然具有生物活性，并且在強變性劑條件下也表現出較高的耐受性。
(3)組織滲透性強。僅有15kD的納米抗體能夠穿透血腦屏障，為大腦中疾病的研究及治療提供新的方法。納米抗體能夠很容易從腎小球濾過，導致其很快從血清中被清除，半衰期變短。高滲透性的納米抗體可進入致密的組織，而多余未結合的納米抗體很快被清除，這有利于疾病的診斷。此外，納米抗體也適合作為胞內抗體靶向胞內乃至核內蛋白。一種特殊的胞內抗體Chromobody，結構為納米抗體與熒光蛋白融合，可以用于監測胞內生化過程。
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